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Como adicionar legendas em gráficos da lattice

No post Como fazer legendas em gráficos eu mostrei procedimentos para gráficos do pacote graphics. Nesse post vou apresentar procedimento para fazer legendas em gráficos da lattice, desenvolvido por Deepayan Sarkar. Iremos empregar as opções auto.key=, key=, colorkey=, e as funções draw.key() e draw.colorkey(). O pacote grid, desenvolvido por Paul Murrell será necessário para posicionarmos as [...]

Bandas de confiança para modelo de regressão não linear

Obter o intervalo de confiança para a resposta predita em um modelo de regressão linear é uma tarefa simples. A matriz do modelo é conhecida, ou seja, a matriz de derivadas parciais do modelo com relação a cada um dos parâmetros possui valores conhecidos e que não dependem dos valores dos parâmetros. Para um modelo [...]

Gráfico ordenado com médias e intervalo de confiança

Este gráfico mostra os valores de b (coeficiente angular) e seus intervalos de confiança calculados para diversas espécies. Para melhor vizualização as espécies são ordenadas pelo valor de b e diferentes grupos (peixes, moluscos e crustáceos) são identificados com símbolos especícicos.
SP GRP b ICi ICs
S. brasiliensis P 3,000 2,887 3,114
U. brasiliensis P 2,993 2,931 3,055
U. mystacea P 2,990 2,948 3,032
L. gastrophysus P 2,897 2,841 2,952
C. jamaicensis P 2,874 2,846 2,901
M. ancylodon P 3,101 3,064 3,137
M. americanus P 2,809 2,785 2,833
M. furnieri P 2,946 2,935 2,957
P. punctatus P 3,050 3,030 3,070
L. sanpaulensis M 1,784 1,685 1,886
O. vulgaris M 2,689 2,613 2,766
O. vulgaris F M 2,651 2,539 2,764
O. vulgaris M M 2,731 2,637 2,827
F. brasiliensis C 2,409 2,352 2,466
F. brasiliensis F C 2,350 2,262 2,439
F. brasiliensis M C 2,201 2,011 2,392
F. paulensis C 2,395 2,338 2,453
F. paulensis F C 2,248 2,160 2,336
F. paulensis M C 2,470 2,224 2,716
X. kroyeri C 2,301 2,244 2,358
X. kroyeri F C 2,305 2,228 2,383
X. kroyeri M C 2,149 2,039 2,260

# carregando e verificando dados
rm(list=ls())
dat.bvar <- read.delim(“clipboard”,dec=”,”)
summary(dat.bvar)
                 SP     GRP         b              ICi             ICs      
 C. jamaicensis   : 1   C:9   Min.   :1.784   Min.   :1.685   Min.   :1.886 
 F. brasiliensis  : 1   M:4   1st Qu.:2.316   1st Qu.:2.232   1st Qu.:2.404 
 F. brasiliensis F: 1   P:9   Median :2.670   Median :2.576   Median :2.765 
 F. brasiliensis M: 1         Mean   :2.607   Mean   :2.527   Mean   :2.686 
 F. paulensis     : 1         3rd Qu.:2.934   3rd Qu.:2.877   3rd Qu.:2.956 
 F. paulensis F   : 1         Max.   :3.101   Max.   :3.064   Max.   :3.137 
 (Other)          :16                           
# reorganizando a tabela de dados
order(dat.bvar$b) # linhas em ordem crescente de b 
[1] 10 22 16 18 20 21 15 17 14 19 12 11 13  7  5  4  8  3  2  1  9  6
rank(dat.bvar$b) # posição de cada linha quando ordenada por b
[1] 20 19 18 16 15 22 14 17 21  1 12 11 13  9  7  3  8  4 10  5  6  2
dat.bvar$RAN <- rank(dat.bvar$b)
levels(dat.bvar$SP) # níveis de SP
 [1] “C. jamaicensis”    “F. brasiliensis”   “F. brasiliensis F”
 [4] “F. brasiliensis M” “F. paulensis”      “F. paulensis F”  
 [7] “F. paulensis M”    “L. gastrophysus”   “L. sanpaulensis” 
[10] “M. americanus”     “M. ancylodon”      “M. furnieri”     
[13] “O. vulgaris”       “O. vulgaris F”     “O. vulgaris M”   
[16] “P. punctatus”      “S. brasiliensis”   “U. brasiliensis” 
[19] “U. mystacea”       “X. kroyeri”        “X. kroyeri F”    
[22] “X. kroyeri M”
dat.bvar$SP<-ordered(dat.bvar$SP, levels=dat.bvar$SP[order(dat.bvar$b)]) # reordena SP pela ordem de b
levels(dat.bvar$SP) # níveis de SP reordenados
[1] “L. sanpaulensis”   “X. kroyeri M”      “F. brasiliensis M”
[4] “F. paulensis F”    “X. kroyeri”        “X. kroyeri F”    
[7] “F. brasiliensis F” “F. paulensis”      “F. brasiliensis” 
[10] “F. paulensis M”    “O. vulgaris F”     “O. vulgaris”     
[13] “O. vulgaris M”     “M. americanus”     “C. jamaicensis”  
[16] “L. gastrophysus”   “M. furnieri”       “U. mystacea”     
[19] “U. brasiliensis”   “S. brasiliensis”   “P. punctatus”    
[22] “M. ancylodon”
ord.sp<-dat.bvar$SP[order(dat.bvar$b)]
# criando o gráfico
attach(dat.bvar)
par(mar=c(8,4,2,2))
plot(c(1:nrow(dat.bvar)),rep(3,nrow(dat.bvar)),ylab=”valores de b”,xlab=”",ylim=c(min(ICi)*0.97,max(ICs)*1.03),type=”n”,xaxt=”n”)
axis(1,1:nrow(dat.bvar),labels=
ord.sp,las=2)
for (i in 1:length(ord.sp)){
segments(i,ICi[SP==ord.sp[i]],i,ICs[SP==ord.sp[i]])
}
points(RAN[GRP=="P"],b[GRP=="P"],pch=19)
points(RAN[GRP=="M"],b[GRP=="M"],pch=17)
points(RAN[GRP=="C"],b[GRP=="C"],pch=15)
legend(locator(1),bty=”n”,c(“Peixes”,”Moluscos”,”Crustáceos”),pch=c(19,17,15)) # clique no gráfico para indicar o local da legenda
detach(dat.bvar)